1.发展物流是一个很十分明确的问题，但是，在这个大前提下还有一些政策问题尚未明确，比如，国家统计局新近印发了《三次产业划分规定》，规定“第三产业包括：交通运输、仓储和邮政业……”，但其中并没有规定物流作为一个产业;比如，国家有十分明确的发展交通运输的产业政策和计划，但没有明确物流的政策和计划;又比如，国家又十分明确的发展开发区(保税区、高新园区等)政策，但是，国家目前尚无关于物流园区的政策。虽然各地方在发展物流过程中出台了一些关于物流园区的政策，但是，这些还不是十分完善而且不配套。因此，发展物流园区还缺乏足够的政策支持。　发展物流园区离不开政府的宏观干预或控制，这一点是十分明确的，而且，只有十分有效的政府调控，地区之间、企业之间才可能实现资源共享和信息共享，才可能按照规则运行，物流园区才可能健康地发展。 

2.目前，很多省市都制订了物流园区的发展规划，但是，这些规划中存在很多问题，首先是规划本身的问题，比如，承担规划机构的资格、制订规划的方法、规划使用的数据、规划中的计划、规划中的园区模式等，其次，规划和规划之间的统筹和协调问题，国家的规划我们暂且不说，各省市的规划中就存在着省市县各种的协调问题，存在着各自为政的现象，省市县的规划有的是同步进行的，有的甚至是市县的规划在先省里的规划在后，至于经济区域内的省市物流园区就更加难以统筹，因此，省内物流园区之间、物流园区和物流中心之间以及相临省市物流园区之间的覆盖半径和区域效应等协调问题在相关的规划中都没有考虑。
在市场经济条件下，任何一种经济行为都必须遵循市场规律。物流是一个市场行为，物流也是企业行为，因此，发展物流科学的市场需求分析是十分重要的，物流园区的决策应当以市场需求为依据，而不能凭借主观想象，目前的情况是很多地方规划的物流园区建设规模已经大大超出了市场的实际需求，比如，某直辖市已经规划的物流园区用地是东京的4-5倍，而这个城市的物流量却远不及东京的物流量;又比如，一些大城市规划出多个物流园区，虽然规划中各个园区的功能各有侧重，但是，在实际执行过程很难划分区别。脱离实际的盲目发展造成了不良的影响，加大了原有物流设施和新建物流设施的竞争，延长了土地投资的回报周期，甚至造成土地的闲置或浪费，同时，由于规划的过剩已经出现了变相房地产开发。而且缺少运作物流园区的企业，目前，物流企业的发展水平还很低，能够在物流园区平台上运行的企业还不是很多。

3.物流基础研究在我国比较薄弱，尽管在国内的一些大学里已经成立了现代物流研究所或研究中心，但是，研究人员的数量很有限，可以说目前在国内还没有实力较强的物流研究机构。　而物流园区作为物流发展过程中的一个新事物，物流园区的研究几乎是空白，目前没有专门的机构和团队从事物流园区的研究，因此，在发展物流园区过程中客观的局面是缺乏科学、技术、教育和管理支持。物流园区的规划及方法，物流园区的发展模式，物流园区的服务功能等一些重要问题还需要深入的研究。

4.与之相应的是物流园区方面的人才十分匮乏。物流园区是一个长期的、复杂的过程，需要各个方面的人才，不仅需要专业人才而且需要复合型人才，如物流、园区开发、投资融资、国际经济合作、公共关系、信息技术人才等。缺少成功经验　

5.国内物流园区的建设已经几年了，在长江三角洲、珠江三角洲和环勃黄海等经济区的上海、北京、深圳等城市都率先建立了物流园区，由于各方面的原因，总体情况不理想，还没有成功的案例，概括起来就是教训大于经验。
物流园区规划文件的知识产权归属问题，目前，国内的很多物流园区规划都是物流园区规划的负责机构委托一个机构来制订规划，承担规划的机构常常组织社会上的资源来共同完成规划，这就涉及到规划内容的保密和规划知识产权的保护问题，由于这种比较松散的组织机构形式难免造成规划成果的泄密，同时，学术界的抄袭现象在物流规划中也表现得十分突出，你中有我，我中有你，近亲繁殖，相互复制，物流园区规划成为了“模板”，甚至在互联网上可以随处粘贴一些物流园区规划的内容，这种现象对物流园区的发展是十分有害的，物流园区将因此失去特色和竞争力。